１９２２年秋毕业后，受广东党组织委派，负责筹备成立社会主义青年团两广区委员会的工作，被选为团区委书记，成为广东社会主义青年团主要创始人和领导人。１９２３年６月，在广州组织“新学生社”，作为团的外围组织，担任该社执行委员会书记。随后，出席在南京召开的社会主义青年团第二次全国代表大会，被选为团中央执行委员会候补委员。

　　１９２３年６月，出席在广州召开的党的三大，积极支持与孙中山领导的国民党建立革命统一战线的方针、政策。会后，他按党组织要求以个人身份参加国民党，协助广州地区国民党改组工作，被任命为国民党临时区党部执行委员。国共合作后，他先后担任中共广东区委委员兼农民运动委员会书记、国民党中央农民部组织干事、中共中央农民运动委员会委员、中共广东省委委员兼农民运动委员会书记，是大革命时期农民运动的重要领导人之一。

　　为了培养农民运动干部，他和彭湃在广州筹备农民运动讲习所，并担任历届农讲所教员和第三届农讲所主任，亲自讲授《农民运动问题》等课程。在长期领导农民运动的斗争中，他不仅研究广东的农民运动，而且对湖南、广西、湖北、四川、山西、陕西等省的农民运动，以及国外的材料作了广泛研究，他所撰写的《中国农民运动》是当时党指导农民运动的重要文献。大革命失败后，他置个人安危于不顾，留在广州坚持秘密斗争，任中共广东省委常委兼农委书记，后任中共广东仁化县委书记，领导仁化暴动，建立苏维埃政府，实行土地革命。

　　１９２８年６月，他出席在莫斯科召开的党的六大，当选为中央审查委员会委员。回国后，任中共江西省委秘书长、省委常委兼组织部长，江苏省委委员兼宣传部长。１９３０年任中共中央北方局委员，河北省委代理书记、省委常委兼组织部长等职。同年底，调到上海的中央机关工作。１９３１年１１月，在中华苏维埃第一次全国代表大会上，他被选为中央执行委员会委员。

　　１９３３年冬，他受党中央派遣来到中央革命根据地。１９３４年２月起，任中华苏维埃共和国临时中央政府审计委员会主任。他一上任就千方百计地增加苏维埃政府的财政收入，从各方面节约开支。按照临时中央政府发布的《审计条例》，围绕预算、决算制度的建立和完善，财政的统一和反贪污浪费斗争等，在预算执行、增收节支、企业管理等方面，先后建立起一系列经济管理制度，严肃财政纪律，预防和制止腐败行为。同时，在中央机关、地方政府和红军部队内部设立审计委员会，开展了富有成效的审计工作，为人民审计制度的建立奠定了坚实的基础。

　　中央红军长征后，阮啸仙任中共赣南省委书记兼赣南军区政治委员，留在赣南坚持游击斗争。１９３５年３月，在赣南信丰、安远交界处转移途中遭敌包围，在指挥突围的战斗中不幸壮烈牺牲，时年３８岁。